某政府投资工程于2009年6月组织施工招标资格预审。资格预审文件采用《标准施工招标资格预审文件》（2007年版）编制，审查办法为合格制，其中部分审查因素和标准如表3-4所示。

招标人受理了12份资格预审申请文件，其中申请人12的资格申请文件是在规定的资格预审文件递交截止时间后2分钟收到的。招标人组建了资格审查委员会，对受理的12份资格申请文件进行审查，审查过程有关情况如下：

(1)申请人1同时是联合体申请人10的成员，资格审查委员会要求申请人1确认是参加联合体还是独自申请。在规定的时间内，申请人1确认其参加联合体，随即撤回其独立的资格申请。资格审查委员会确认申请人1的申请合格。

(2)申请人2不具备相应资质，使用资质为其子公司的资质，资格审查委员会认为母公司采用子公司资质申请有效。

(3)申请人3的安全生产许可证有效期已过，资格审查委员会要求申请人3提交重新申领的安全生产许可证原件。在规定的时间内，申请人3重新提交了其重新申领的安全生产许可证原件，资格审查委员会确认其中请合格。

(4)招标人临时要求核查申请人资质证书原件，申请人4提交的申请文件虽符合资格预审文件要求，但未按照要求提供资质证书原件供资格审查委员会核查，资格审查委员会据此判定申请人4不能通过资格审查。

(5)申请人5在2008年10月因在投标过程中参与串标而受到了暂停投标资格一年的行政处罚，资格审查委员会认为其他外部证据不能作为审查的依据，依据资格预审文件判定申请人5通过了资格审查。其他申请文件均符合要求。经资格审查委员会审查，确认申请人1、2、3、5、6、7、8、9、10、11和12通过了资格审查。

【问题】

指出以上资格审查过程有哪些不妥之处，分别说明理由。